Für jedes Nationale Forschungsprogramm (NFP) setzt der Nationale Forschungsrat eine Leitungsgruppe ein. Ihre Mitglieder zeichnen sich durch ihre wissenschaftliche Kompetenz und Erfahrung in anwendungsorientierter Forschung aus. Die Leitungsgruppe verleiht dem NFP sein spezifisches Profil und gewährleistet dessen Kontinuität und Kohärenz. Sie organisiert und überwacht die wissenschaftliche Koordination und evaluiert den Fortschritt der einzelnen Forschungsprojekte, sowie der Umsetzungsaktivitäten. Am Schluss des Programms ist die Leitungsgruppe verantwortlich für die Verfassung eines Syntheseberichts.
Die Abteilung Orientierte Forschung des Nationalen Forschungsrats delegiert ein Mitglied in die Leitungsgruppe. Der oder die Forschungsratsdelegierte stellt den Kontakt zwischen den beiden Organen sicher, und unterbreitet dem Forschungsrat die Empfehlungen der Leitungsgruppe zur Annahme oder zur Ablehnung.
Die Programmkoordinatorin ist für das operationelle Management des NFP verantwortlich. Sie legt einen Zeitplan und die Meilensteine des Programms fest und koordiniert die Tätigkeiten der verschiedenen Akteure. Für Auskünfte und Anfragen jeder Art gelangt man zuerst an sie.
Der oder die Umsetzungsbeauftragte definiert die Umsetzungsstrategie des NFP. Er oder sie schlägt eine Brücke zwischen Wissenschaft und Praxis, unterstützt und berät die Leitungsgruppe sowie die Projektverantwortlichen in Kommunikationsfragen. Er oder sie unterstützt die Forschenden auch bei ihren Kontakten mit interessierten Parteien und den Medien, und macht die Ergebnisse der Forschung den Zielgruppen bekannt.
Der Beobachter des Bundes vertritt die Interessen der verschiedenen Ämter der Verwaltung und bringt deren Anliegen in die Leitungsgruppe ein. Ferner spielt er eine wichtige Rolle, indem er die Zusammenarbeit zwischen den Forschenden und den verschiedenen Bundesämtern erleichtert.