Pour chaque PNR, le Conseil national de la recherche constitue un comité de direction dont les membres sont nommés selon leur compétences scientifiques et leur expérience en recherche appliquée. Le Comité de direction définit le profil du PNR et garantit la continuité et la cohérence dans les décisions. Il organise et supervise la coordination scientifique et évalue les progrès des projets de recherche ainsi que des activités de valorisation. A la clôture du PNR, il est également responsable de la constitution d’un rapport de synthèse.
La Division Recherche orientée du Conseil national de la recherche délègue un de ses membres au sein du Comité de direction. Ce délégué assure les contacts entre les deux organes et soumet à la Division Recherche orientée les recommandations du Comité de direction, pour approbation ou rejet.
Le coordinateur du programme est responsable de la gestion opérationnelle du PNR. Il en détermine le calendrier et les jalons et il coordonne les activités des différents acteurs. C’est à lui qu’on s’adresse en premier lieu pour toute demande de renseignement.
Le chargé de valorisation définit la stratégie de valorisation du PNR. Il assure le lien entre la science et la pratique. Il soutient et conseille le Comité de direction et les responsables en matière de communication et d’implémentation ainsi que les chercheurs lors de leurs contacts avec toute partie intéressée et les médias. Finalement, il aide à la mise en œuvre de mesures spécifiques de valorisation des projets.
L'observateur de l'administration fédérale représente les différents offices de l’administration et leurs intérets au sein du Comité de direction. Il a également un rôle de facilitateur dans la coopération entre les divers offices de l’administration et les chercheurs.