Nach ihrer Forschungstätigkeit  an den Instituten für Zellbiologie und Biopharmazie  der ETH Zürich sowie an der Napier University in Edinburgh war Barbara Rothen-Rutishauser zuletzt Oberassistentin in der Abteilung Histologie am Institut für Anatomie an der Universität Bern. Zudem ist sie seit Anfang 2011 Forschungsgruppenleiterin in der Abteilung Pneumologie am Inselspital Bern. Ihre Professur in Freiburg teilt die Biologin mit der Chemikerin Alke Fink.

Im Rahmen des NFP 64 leitet Barbara Rothen-Rutishauser das Projekt «Biomedizinische Nanopartikel als Immunmodulatoren». Ziel dieses Projekts ist es, zu untersuche, wie sich die therapeutischen Nanopartikel in der Lunge auf das Immunsystem auswirken. Die gewonnenen Erkenntnisse sollen dazu beitragen, neue therapeutische Applikationen für Lungenerkrankungen zu entwickeln und mögliche negative Auswirkungen therapeutischer Nanopartikel besser zu verstehen. Die verstärkte Präsenz des NFP 64 «Chancen und Risiken von Nanomaterialien» am  Adolphe Merkle Institut ermöglicht Synergien mit anderen Forschungsprojekten.